L'arrêté ministériel portant des mesures de lutte contre Coxiella burnetii chez les ovins et les caprins a été publié le 13 mai 2011.

Cet arrêté impose une vaccination obligatoire de tous les caprins âgés de plus de 3 mois aux exploitations où la présence de Coxiella burnetiï (fièvre Q) a été révélée par le biais d’une analyse PCR sur un échantillon du lait de tank ou sur un échantillon prélevé dans le cadre d'une analyse d’avortement.

L’'AFSCA a acheté 50.000 doses du vaccin Coxevac pour cette vaccination obligatoire. Ce vaccin est mis gratuitement par l'intermédiaire des vétérinaires à disposition de chaque exploitation de chèvres contaminée,. Contrairement à la campagne de vaccination contre la maladie de la langue bleue, aucune indemnisation n’est prévue pour les frais de vaccination. La vaccination est une mesure complémentaire qui est appliquée dans les exploitations contaminées afin de réduire l’excrétion de la bactérie de la fièvre Q. De plus, la vaccination permet de lever l’obligation de traitement du lait par la chaleur en vigueur dans les exploitations contaminées, à condition toutefois que toutes les chèvres non gestantes âgées de plus de trois mois aient été vaccinées.

La vaccination doit être effectuée par un vétérinaire agréé selon le schéma de vaccination prescrit par le producteur du vaccin, à savoir une primovaccination en 2 injections (à 3 semaines d'intervalle), ou un rappel de vaccination 9 mois après la vaccination précédente si la primovaccination a déjà eu lieu, administré à tous les animaux non-gestants âgés de plus de 3 mois. Les vaccinations doivent être effectuées dans les plus brefs délais et au plus tard dans les 6 mois suivant la notification de la contamination, même si la présence de Coxiella Burnetii n’a entretemps plus pu être démontrée par une nouvelle analyse du lait de tank. Le vétérinaire enregistre lui-même les vaccinations dans Sanitel, conformément aux instructions de l'Agence, ou transmet le formulaire "enregistrement des vaccinations fièvre Q" au Service Prévention et Gestion de crise de l'AFSCA lorsqu’il n’a pas accès à Sanitel.

D'autres éleveurs peuvent faire vacciner leur troupeau sur base volontaire, avec le vaccin disponible en vente libre sur le marché. Cette vaccination peut également être enregistrée par le vétérinaire qui l’a pratiquée. Si une exploitation vaccinée avec du vaccin de phase 1 devait s’avérer contaminée ultérieurement, elle pourra échapper à l’obligation de traitement obligatoire du lait par la chaleur, sous réserve qu’elle puisse apporter une preuve de vaccination.