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04.06.2018 
 L’AFSCA réalise différents types de missions chez ou pour des opérateurs de la chaîne alimentaire :
 
 
 
  Les inspections lors desquelles les contrôleurs de l’AFSCA vérifient le respect de la législation belge et européenne. Elles ont lieu soit dans le cadre du plan de contrôle, selon une fréquence d’inspection définie ou un nombre fixe, soit suite à une plainte, une suspicion de maladie animale, une mesure à l’encontre d’un autre opérateur, une notification obligatoire, un RASFF (système européen d'alerte rapide), une toxi-infection alimentaire, une irrégularité à l’importation ou à l’exportation, une demande d’agrément, un incident dans la chaîne alimentaire (traçabilité d’un animal ou d’un produit contaminé, complément d’enquête…), etc. 
 
Les recontrôles : en cas d’inspection défavorable, un ou plusieurs recontrôle(s) sont systématiquement menés après écoulement du temps nécessaire aux aménagements. 
 
Les inspections de suivi : un certain pourcentage (variable selon les activités) des opérateurs qui ont fait l'objet d'une sanction (PV, avertissement) et qui se sont mis en ordre, est contrôlé avant l'inspection prévue par la fréquence prédéfinie d'inspection. Il s'agit de s'assurer que l'opérateur ne récidive pas. 
 
Les échantillonnages :  un ou plusieurs échantillons d'un produit est prélevé pour être analysé dans un des laboratoires de l'AFSCA ou agréé par l'AFSCA. 
 
L'expertise c’est-à-dire  l'examen auquel tous les animaux doivent être soumis avant et après l’abattage.  L’objectif premier de cette expertise est de garantir la protection de la santé  publique en excluant de la consommation humaine les viandes qui présentent des  anomalies, qui sont contaminées par des agents pathogènes ou qui contiennent  des résidus de médicaments vétérinaires ou des contaminants. L’expertise est réalisée  par un vétérinaire officiel, généralement un vétérinaire indépendant chargé de  mission par l’Agence. 
 
Contrôles  à l’importation et à l’exportation : avant de pouvoir rentrer dans l’Union  européenne, les produits et les animaux doivent faire l’objet de contrôles  spécifiques. Il peut s’agir de contrôles documentaires, de contrôles de  conformité et de contrôles matériels (échantillonnages). Les marchandises et  les animaux destinés à être exportés doivent être accompagnés de certificats  délivrés par l’AFSCA. Comme lors de l’expertise, les contrôles à l’importation et à  l’exportation sont souvent réalisés par des indépendants chargés de missions. 
 
Audits  dans le cadre de la validation de systèmes d’autocontrôle : ces audits ont  lieu uniquement à la demande d’opérateurs et sont la plupart du temps basés sur les  guides d’autocontrôle approuvés. Ils sont réalisés sur base de check-lists  réalisées par l’AFSCA en concertation avec les représentants des organisations  professionnelles concernées. La réalisation de ces audits sont le plus souvent confiés  à des organismes de certification ou d’inspection reconnus par l’AFSCA, mais un  opérateur peut toujours choisir de se faire auditer par l’AFSCA.  Au cours d'une seule et même mission,  plusieurs  contrôles différents peuvent être réalisés: par exemple une inspection et une prise d’échantillons.
 
 Lors des inspections dans le cadre du plan de contrôle, les contrôleurs de l’AFSCA complètent des check-lists (CL): ces CL reprennent les différents points à contrôler et sont disponibles sur le site web de l’AFSCA pour permettre à tout opérateur de vérifier si son établissement est en conformité avec la réglementation.
 
 Les autres types de contrôles font l’objet d’un rapport et non de check-lists.
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